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https://repository.ufrpe.br/handle/123456789/5330
Title: | Análise de colinearidade gênica do operon aprX-lipA em isolados de Pseudomonas fluorescens |
Authors: | Silva, Israel Santos da |
metadata.dc.contributor.authorLattes: | http://lattes.cnpq.br/9803828236017805 |
metadata.dc.contributor.advisor: | Freitas, Nara Suzy Aguiar de |
metadata.dc.contributor.advisorLattes: | http://lattes.cnpq.br/6891650997818766 |
metadata.dc.contributor.advisor-co: | Souza, Paulo Roberto Eleutério de |
metadata.dc.contributor.advisor-coLattes: | http://lattes.cnpq.br/1971832245117283 |
Keywords: | Organismos psicrotróficos;Pseudomonas;Expressão gênica;Enzimas proteolíticas;Genômica |
Issue Date: | 15-Sep-2023 |
Citation: | SILVA, Israel Santos da. Análise de colinearidade gênica do operon aprX-lipA em isolados de Pseudomonas fluorescens. 2023. 36 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Ciências Biológicas) - Departamento de Biologia, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife, 2023. |
Abstract: | Pseudomonas fluorescens are Gram-negative bacilli that are motile and found in terrestrial and aquatic ecosystems. Due to their psychrotrophic characteristics, these bacteria are often associated with the contamination of unpasteurized milk and its derivatives, such as cheese and butter. The proteases and lipases produced by P. fluorescens are the primary factors in the prevalence of dairy product contamination. These enzymes are encoded by the aprX and lipA genes, which are present in the aprX-lipA operon. In this regard, we evaluated the genomic components surrounding the aprX-lipA operon of P. fluorescens from different sources, aiming to detect genetic patterns inherent to these organisms and their correlation with proteolytic activity. We used the NCBI database, the String platform, and Interpro for comparative evaluation of the selected genomes. In the four isolates analyzed, the aprX-lipA operon is highly variable structurally, with unique configurations for each genome. The gene co-expression relationships of the genes surrounding the aprX protease also show qualitative and quantitative variations, both intra- and inter-species within the Pseudomonas genus. We detected components of the CRISPR type 1 system, previously unrelated to the operon, which can amplify, move, and modify genes related to the defense mechanism, pathogenic or not, of the genus. The patterns related to pathogenicity indicate that new biomarkers can be used for genomic surveillance. |
Description: | Pseudomonas fluorescens são bacilos gram-negativos que possuem motilidade e estão presentes em ecossistemas terrestres e aquáticos. Por possuírem característica psicrotrófica, essas bactérias estão frequentemente relacionadas à contaminação de leite não pasteurizado e seus derivados, como queijo e manteiga. As proteases e lipases produzidas por P. fluorescens são o principal fator na prevalência de contaminação de produtos lácteos. Essas enzimas são codificadas pelos genes aprX e lipA, presentes no operon aprX-lipA. Nesse sentido, avaliamos os componentes genômicos circunvizinhos ao operon aprX-lipA de P. fluorescens de diferentes origens, visando detectar padrões genéticos inerentes a esses organismos e sua correlação com a atividade proteolítica. Utilizamos o banco de dados do NCBI, a plataforma String e Interpro para avaliação comparativa dos genomas selecionados. Nos quatro isolados analisados o operon aprX-lipA é altamente variado, estruturalmente, com configurações exclusivas para cada genoma. As relações de co-expressão gênica dos genes circunvizinhos à protease aprX, também, apresentam variações qualitativas e quantitativas, intra e inter-espécies do gênero Pseudomonas. Detectamos os componentes do sistema CRISPR tipo 1, até então não relacionado com o operon, que podem amplificar, movimentar e modificar genes relacionados com o mecanismo de defesa, patogênico ou não, do gênero. Os padrões relacionados à patogenicidade indicam que novos biomarcadores podem ser utilizados pela vigilância genômica. |
URI: | https://repository.ufrpe.br/handle/123456789/5330 |
Appears in Collections: | TCC - Bacharelado em Ciências Biológicas (Sede) |
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