Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://hdl.handle.net/123456789/1362
Título: Desenvolvimento e validação de marcadores moleculares tipo microssatélites a partir do transcriptoma de Vigna unguiculata (L.) Walp.
Autor: Oliveira, Wilson Dias de
Endereco Lattes do autor: http://lattes.cnpq.br/3544882037972617
Orientador: Iseppon, Ana Maria Benko
Endereco Lattes do orientador : http://lattes.cnpq.br/7796654028353519
Co-orientador : Araújo, Flávia Czekalski de
Endereço Lattes do Co-orientador : http://lattes.cnpq.br/1888011932745430
Palavras-chave: Feijão-caupi - Melhoramento genético;Bioinformática;Marcadores genéticos
Data do documento: 17-Jul-2019
Citação: OLIVEIRA, Wilson Dias de. Desenvolvimento e validação de marcadores moleculares tipo microssatélites a partir do transcriptoma de Vigna unguiculata (L.) Walp. 2019. 65 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Licenciatura em Ciências Biológicas) - Departamento de Biologia, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife, 2019.
Abstract: Genetic improvement of plants has potentiated continuous gains in the productivity of several crops. In this context, molecular markers stand out as a promising tool, which allows direct access to the genotype of the individual, thus differentiating it self from the morphological markers. Microsatellites (SSR) are codominant markers and are among the most used for this purpose. Thus, the present work aimed to develop and validate SSR markers for use in genetic improvement programs of cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. For this, three transcripts of the species, from experiments by CPSMV (Cowpea Severe Mosaic Virus), CABMV (Cowpea Aphid-born Mosaic Virus) and root dehydration were analyzed. A computational pipeline was used to identify and annotate SSRs. The selection of the candidates for the development of the markers was performed considering the polymorphism of size between the motifs, followed for the design of the primers using the SnapGene tool. 45,776 sequences containing SSRs were identified, among which the di- and trinucleotide motifs prevailed, together representing a total of 60% of the sequences identified. Of these, 3,493 sequences were present in the three transcripts analyzed, where 160 were selected based on the most significant difference in size (12-42) among the motifs, followed by the design of 30 SSRs. In the conventional PCR step, it was observed that 73% of the markers confirmed polymorphism between the BR 14-Mulato and IT85F-2687 accessions, while 57% were polymorphic between Pingo de Ouro and Santo Inácio. A total of 23 markers were transferable to V. unguiculata subsp. sesquipedalis and 16 for V. radiata (L.). Finally, the analysis allowed the identification of SSRs in the transcriptomes of cowpea, submitted to biotic and abiotic stresses, revealing polymorphisms between different accessions. The data identified, analyzed and validated will contribute to studies of genetic diversity and pre-breeding, aiming to broaden the available genetic base of cowpea.
Resumo: O melhoramento genético de plantas tem potencializado ganhos contínuos na produtividade de diversas culturas. Neste contexto, marcadores moleculares se destacam como uma ferramenta promissora, que possibilita o acesso direto ao genótipo do indivíduo, diferenciando-se, assim, dos marcadores morfológicos. Os microssatélites (SSR), são marcadores codominantes e figuram entre os mais utilizados para esta finalidade. Assim, o presente trabalho objetivou desenvolver e validar marcadores SSR para uso em programas de melhoramento genético do feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. Para isso, foram analisados três transcriptomas da espécie, oriundos de experimentos por infecção pelo CPSMV (Cowpea Severe Mosaic Virus), CABMV (Cowpea Aphid-born Mosaic Virus) e desidratação radicular. Um pipeline computacional foi usado para identificação e anotação dos SSRs. A seleção dos candidatos para o desenvolvimento dos marcadores foi realizada considerando o polimorfismo de tamanho entre os motivos, seguindo para o desenho dos primers utilizando a ferramenta SnapGene. Foram identificadas 45.776 sequências contendo SSRs, dentre os quais prevaleceram os motivos di- e trinucleotídeos, representando conjuntamente um total de 60% das sequências identificadas. Destas, 3.493 sequências estiveram presentes nos três transcriptomas analisados, onde 160 foram selecionadas com base na diferença de tamanho mais significativa (12-42) entre os motivos, seguindo para o desenho de 30 marcadores SSRs. Na etapa de PCR convencional, foi observado que 73% dos marcadores confirmaram polimorfismo entre os acessos BR 14-Mulato e IT85F-2687, enquanto que 57% foram polimórficos entre Pingo de Ouro e Santo Inácio. Um total de 23 marcadores foram transferíveis para a V. unguiculata subsp. sesquipedalis e 16 para V. radiata (L.). Por fim, a análise permitiu a identificação dos SSRs nos transcriptomas do feijão-caupi, submetido a estresses bióticos e abióticos, revelando polimorfismos entre diferentes acessos. Os dados identificados, analisados e validados irão contribuir com estudos de diversidade genética e pré-melhoramento, visando ampliar a base genética disponível do feijão-caupi.
URI: http://hdl.handle.net/123456789/1362
Aparece nas coleções:(CDILCB) Trabalho de conclusão de curso

Arquivos associados a este item:
Arquivo Descrição TamanhoFormato 
tcc_wilsondIasdeoliveira.pdf1,34 MBAdobe PDFVisualizar/Abrir


Os itens no repositório estão protegidos por copyright, com todos os direitos reservados, salvo quando é indicado o contrário.